Para criar atalhos personalizados no menu do Gnome utilizo um pacote chamado Alacarte, Quando o Gnome-Shell foi atualizado para a versão 3.16.2-4 os ícones ficaram duplicado na dash(ou dock).
Segue uma imagem para explicar melhor, um é o favorito(1), e outro é a aplicação que quando roda(2):
Antes de iniciar a customização é necessário saber qual a VM_CLASS da aplicação, normalmente costuma ser apenas o nome dela. Mas, para ter certeza, execute o comando abaixo, e clique na janela da aplicação aberta.
